La localidad no tuvo una fundación con ceremonia, trazado de calles o repartición de solares. Surgió de un movimiento espontáneo de aproximación en torno al convento franciscano que se convirtió en símbolo y síntesis de la historia.

En 1720 la Compañía de Jesús fundó una Estancia, denominada de San Miguel del Carcarañal, cuyo casco se levantaba a la margen derecha del río Carcaraña en jurisdicción de la actual localidad de Aldao y enfrente de Andino. Era un establecimiento ganadero dependiente del colegio la Inmaculada de Santa Fe destinado a producir bienes para el sostenimiento del colegio del que dependía.

Uno de los puestos de la Estancia se denominaba de San Lorenzo y estaba emplazado en las cercanías de la desembocadura del arroyo del mismo nombre. Unos pocos ranchos constituían la población integrada por la familia del puestero y la de otros peones y reseros.

El 30 de octubre de 1768 es expulsada de todos los Reinos de España y de sus colonias de América la Orden Jesuítica en cumplimiento de la real orden de Extrañamiento dictada por el Rey Carlos III. La estancia San Miguel pasa a jurisdicción de la Junta de temporalidades de Santa Fe, en 1774 las tierras son subastadas públicamente. El regidor de Santa Fe don Francisco de Aldao es uno de los adquirentes, repartiendo las tierras entre sus hijos. Félix Aldao, hijo del regidor, recibe una legua cuadrada, donde se levanta la ciudad de San Lorenzo.

El 1 de enero de 1780 la Capilla San Miguel pasó a manos de un pequeño grupo de franciscanos. Traían el propósito de convertir el lugar en centro de operaciones para su apostolado entre fieles e infieles, comienza a llamarse el lugar Colegio San Carlos. En 1790 buscan un lugar más apto para vivir y mejor comunicado. Don Félix Aldao dona una extensión de terreno a los franciscanos. A partir de ese momento comienza la construcción. El 6 de mayo de 1796 es trasladada la comunidad franciscana al nuevo edificio.
La ordenanza Municipal N° 1052 del año 1984 declara como fecha de fundación de la ciudad de San Lorenzo, el 6 de mayo de 1796.

No se pudo determinar con seguridad el origen de su nombre, ya que existen varias teorías, pero la más aceptada, adjudica su nombre al santo español San Loreno Mártir. La época de la conquista es la época de oro de la fe española. Cada descubrimiento era designado con el nombre del santo del día recordado por el calendario litúrgico o por un santo de la devoción del conquistador. San Lorenzo Mártir era un santo muy honrado por los españoles por ser de los más qrandes ejemplos de la fe cristiana; era un santo preclaro por sus virtudes y por su fama.