El 9 de junio de 1947 cinco vecinos reunidos en la casa de Justo Porteiro, dieron vida al Club Colón de San Lorenzo. El nombre se lo deben al fanatismo por su homónimo santafesino que prodigaba su primer presidente: Víctor Badía. El primer intendente de la ciudad, Santos Palacios, gestionó ante la sucesión Ledesma de Buenos Aires la cesión de los terrenos ubicados entre las calles San Martín, General López, Ledesma y América (hoy Eva Perón), donde se emplazó la cancha. En la muy populosa zona se encontraban además los clubes más importantes de aquel entonces: YPF y Molinos.

La personería jurídica se obtuvo en 1950, en los años 61, 62, 63, 64 y 65 obtuvo en forma consecutiva los campeonatos de la Liga Regional Sanlorencina. Un año más tarde logró lo mismo en la Liga Totorense. El primer juego de camisetas lo donó la fundación Eva Perón, tenía los colores de Chacarita Juniors y se estrenó en un partido contra Newells, que terminó empatado 2 a 2.

Colón, además de haber cosechado varios campeonatos a nivel regional, tuvo la particularidad de transferir a uno de sus jugadores directamente a Europa: Néstor Combin, que pasó sin escalas al Lyon de Francia.

No estuvo exento del denominador común de los clubes de fútbol del cordón industrial como son las limitaciones económicas, lo que hace que los mejores jugadores militen en ligas más fuertes o en equipos más poderosos de otras localidades que compiten en la Liga Sanlorencina. En 1985 el Tricolor cerró sus puertas por estar quebrado económica y deportivamente.

Sin embargo, en 2006 logró volver a existir y re afiliarse a la AFA gracias a un convenio entre la vecinal del barrio Díaz Vélez y la Asociación de Cooperativas Argentinas (ACA), con el respaldo del gobierno municipal. Así, Colón volverá a tener su cancha para competir en la Liga Sanlorencina de Fútbol en un predio cedido por ACA.

En 2007 obtuvo otro logro deportivo coronándose campeón de la Liga Regional Sanlorencina. En el año 2015 logró coronar su último logro deportivo coronándose campeón de la liga Sanlorencina. Desde su retorno el club no paró de crecer, hoy en día es uno de los clubes más prestigiosos de la zona y alrededores.

Hoy milita en la Primera División de la Liga Sanlorencina, tanto en masculino como femenino y además de su actividad principal, también existen otras disciplinas tales como Hockey y proximamente un gimnasio abierto al público.